1、完整度不同：红宝石，只能抓到古拉顿、天空龙。蓝宝石，只能抓到海皇牙、天空龙。2.敌对组织不同：红宝石，熔岩队。蓝宝石，海洋队。3.特有精灵不同：红宝石，特有狡猾的天狗族，大嘴蛙，猫鼬斩首，太阳岩。蓝宝石，特有乐天河童族、勾魂眼、饭匙蛇、月石。

红蓝宝石跟究极红蓝宝石的剧情略有不同，从通关后的战斗中心可知，究极红蓝宝石是平行宇宙，由于陨石坠地事件的影响，使究极红蓝宝石的宇宙独立出来。

始源红宝石的起源

口袋妖怪的开始是蓝宝石和最终的红宝石。

小胖丁和皮皮等精灵都有增加妖精属性的技能，升级时也会学习妖精属性。

第三世代之后的小精灵都会在里面登场，毕竟这是第六世代了，肯定前面出现过的所以小精灵都会登场的。

赫拉克罗斯得话可以发展成冰精灵和叶精灵，演变冰精灵所需要的冰岩在浅滩洞穴，也就是超能系道馆城市上方的洞穴里，在冰岩附近使用冰之石即可演变成冰精灵；演变叶精灵所需的苔藓岩在橙华森林里，在苔藓岩附近使用叶之石即可演变成叶精灵。